Nello Statuto sono fissati gli obiettivi e le finalità della Fondazione (art. 3), i suoi organi (art. 6) e il territorio di riferimento (art. 2).

Lo statuto attuale, con poche modifiche di carattere formale, è quello redatto nel corso del 1999, quando, con il completamento del quadro normativo di riferimento (L. n. 461/98 e Dlgs. n. 153/99) e in particolare con la definitiva separazione tra l'attività bancaria e quella filantropica, si è reso necessario ridefinire gli obiettivi e gli assetti di questi organismi che, a tutti gli effetti, costituivano una novità nel panorama italiano.

Alla stesura definitiva si è arrivati dopo una lunga fase di consultazione con i Soci e con le realtà economiche, sociali e culturali del nostro territorio. Da essa si sono tratte indicazioni utili per definire gli obiettivi e le finalità, il territorio di riferimento e la "governance" di quella che sarebbe stata denominata Fondazione Cassa di Risparmio di Pisa.

Gli obiettivi sono stati identificati fra i settori di intervento indicati dalla legge in continuità con l'attività filantropica già peculiare della Cassa, la tutela del patrimonio artistico (Arte, attività e beni culturali) e l'assistenza alle categorie sociali più deboli (Filantropia e volontariato). Dalla consultazione con le realtà territoriali è emersa, inoltre, l'esigenza di sostenere iniziative di ricerca applicata capaci di dare origine a prodotti o processi che favoriscano la nascita di nuovi insediamenti produttivi, in un territorio ormai da tempo affetto da un progressivo processo di deindustrializzazione (Ricerca scientifica e tecnologica).

Per quanto riguarda gli organi, oltre al consiglio di amministrazione e all'organo d'indirizzo, denominato Deputazione, si è scelto di mantenere anche l'Assemblea dei soci, con la funzione di custode della missione della Cassa originaria, oltre che forte presidio e garanzia di autonomia della Fondazione rispetto agli altri enti e istituzioni, in una moderna prospettiva di sussidiarietà e impegno dei privati cittadini in attività di interesse generale.

Infine, sebbene la legge non dia disposizioni vincolanti in questo senso, è parso comunque opportuno che la Fondazione individuasse un territorio di intervento in continuità con la precedente Cassa, sia per la storia e la tradizione che legano l'istituzione ad un'area ben determinata dalla quale essa ha tratto il proprio patrimonio, sia al fine di poter assicurare un impiego razionale ed efficace delle risorse, relativamente limitate.