Con la riforma della normativa le Fondazioni di origine bancaria non sono tenute a mantenere nella loro struttura gestionale l'Assemblea dei soci.
Le tradizionali prerogative dell'Assemblea sono state assimilate dall'istituzione di un organo d'indirizzo, denominato Deputazione, la cui metà dei membri è designata dagli enti locali.

Durante la lunga fase di consultazione che ha portato alla redazione dello Statuto si è percepito che nella opinione pubblica l'Assemblea dei Soci significava la continuità tra Cassa e Fondazione. Pertanto con tali prerogative si è deciso di mantenerla tra gli organi della neonata Fondazione.

Nella "corporate governance" della Fondazione l'Assemblea rappresenta la continuità della storia e della tradizione della Cassa di Risparmio di Pisa ed è la custode della missione di pubblica beneficenza fissata dai privati individui cittadini pisani che la fondarono.

L'Assemblea è formata da un numero minimo di 90 e un massimo di 130 soci, di cui 36 indicati dagli enti e istituzioni del territorio (soci di diritto) e per il resto nominati dall'Assemblea stessa tra personalità che siano rappresentative della società civile nei settori della cultura, dell'impresa e delle professioni e che possano contribuire validamente all'attività della Fondazione (soci elettivi).

Oltre a designare la metà dei membri dell'organo d'indirizzo della Fondazione (Deputazione), i soci hanno la facoltà di esprimere parere preventivo sulla gestione del patrimonio, sulle modifiche statutarie, sul documento programmatico e sul bilancio della Fondazione, formulando ove necessario raccomandazioni e proposte alla Deputazione e al Consiglio di Amministrazione.